一、细胞结构

真菌：真菌是真核生物，细胞具有典型的真核细胞结构。它有细胞核，核膜将DNA包裹起来，形成染色体结构。例如酵母菌，其细胞核清晰可见，DNA在细胞核内与组蛋白等结合。

真菌的细胞壁成分主要是几丁质（除了少数低等真菌细胞壁含有纤维素外），这与植物细胞壁的纤维素成分不同。几丁质能够为真菌细胞提供强度和保护，就像一层坚固的外壳包裹着细胞。

真菌细胞内有多种细胞器，如线粒体用于能量产生、内质网用于蛋白质和脂质合成等。以霉菌为例，在其细胞的超微结构观察中可以发现线粒体、内质网等细胞器的存在。

原生动物：原生动物同样是真核生物，有真正的细胞核。不过，原生动物的细胞结构更加多样化，因为它们需要适应不同的生存方式。原生动物没有细胞壁，这使得它们的细胞形状更加灵活多变。例如变形虫，它可以通过改变自身细胞膜和细胞质的形状，伸出伪足来进行运动和摄食，这种灵活性是没有细胞壁的结果。

原生动物具有用于运动、摄食等功能的特殊细胞器。像草履虫，其细胞表面有大量的纤毛，这些纤毛是一种细胞器，通过有规律地摆动来推动草履虫在水中游动；同时它还有口沟用于摄取食物、伸缩泡用于调节渗透压等特殊结构。

二、运动方式

真菌：大部分真菌是不能运动的，它们通过菌丝的生长来扩展自身的分布范围。菌丝是真菌的营养体，呈丝状，可以在基质（如土壤、木材等）中延伸生长。例如，在发霉的面包上看到的霉菌，其菌丝会在面包内部和表面蔓延生长，以获取更多的营养物质。不过，也有少数真菌的孢子（真菌的繁殖体）可以借助外力（如风力、水流等）进行传播，这在一定程度上也算是一种被动的“运动”。

原生动物：原生动物具有多种主动运动方式。如前所述，草履虫通过纤毛的摆动在水中快速游动，纤毛的运动就像船桨划水一样有规律。变形虫则是利用伪足进行运动，伪足的形成是细胞质的流动和细胞膜的伸展，它通过改变伪足的位置和形状来推动身体前进，这种运动方式比较缓慢但灵活。还有一些原生动物通过鞭毛的摆动来运动，鞭毛的结构和运动方式与纤毛有相似之处，但通常比纤毛更长、更少。

三、繁殖方式

真菌：真菌的繁殖方式多样。有无性繁殖和有性繁殖。无性繁殖方式包括出芽生殖（如酵母菌），酵母菌在环境适宜时，母细胞上会产生一个小芽体，芽体逐渐长大，最后与母细胞分离，成为一个新的个体；还有孢子生殖，许多真菌通过产生大量的孢子来繁殖，孢子可以通过风、水等媒介传播到新的环境中，在适宜的条件下萌发成新的菌丝体。有性繁殖涉及到两个不同性别的配子或菌丝的结合，经过复杂的过程形成有性孢子，如担子菌的担子上产生担孢子，这种繁殖方式可以增加遗传多样性。

原生动物：原生动物的繁殖方式也有多种。无性繁殖方式包括二分裂（如变形虫），一个细胞直接分裂成两个大小基本相等的子细胞；还有复分裂，即细胞核先进行多次分裂，然后细胞质再围绕着多个细胞核进行分裂，形成多个子细胞。有性繁殖方式如接合生殖，以草履虫为例，两个草履虫通过口沟部位相互连接，进行细胞质和部分遗传物质的交换，然后分开，各自进行细胞分裂，产生子代个体，这种方式能够增加遗传变异。

总之，真菌有细胞壁，而原生动物没有。